学院的排行榜是根据参赛学员的综合表现来评判的。当然，拿到前面的名次，也会为各自的学院加很多分。例如冠军跟亚军所在的未白宝可梦学院跟彩虹宝可梦学院，最终的排名是第一跟第二。
反倒是原本排名第二的激流宝可梦学院由于本次学院杯大赛表现不佳，一下子落到了第六位，也因此没能参与到本次的秘境历练。
城都地区参赛的宝可梦学院是一些当地的大城市里的学院。
城都地区的学院排名与关都地区稍微不同，他们并没有学院杯大赛，不过他们有他们自己的排位方式。
按照经济水平跟综合实力来排名的话，来自于满金市的满金宝可梦学院无疑是城都地区最佳的学院。
当然，这个最佳学院是有除外某个学院后开始排列的。
跟关都地区一样，关都地区有石英高原跟石英宝可梦学院。
城都地区有白银山跟白银宝可梦学院。
不管是石英宝可梦学院还是白银宝可梦学院，都是各地区的最强学院。
每次五个地区举行地区联赛的时候，都是这些招牌学院里派出来的学员进行比试。
但平日里，或是为了隐瞒实力，或是为了保护那些学员们的个人隐私。在学院的排名以及学员的排名上，都不会加入各地区的招牌学院。
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